На сегодняшний день ФНЦГ им. Ф. Ф. Эрисмана - головное многопрофильное научное учреждение, решающее как прикладные, так и фундаментальные проблемы гигиенической науки и охраны здоровья населения.
Основные направления деятельности Центра отражены в его структуре, включающей:
- Институт комплексных проблем гигиены,
- Институт гигиены, токсикологии пестицидов и химической безопасности,
- Институт общей и профессиональной патологии.